マニュアルを作るときに紙のサイズ、材質などについて聞かれることがあるが、これがいい、といった基準はありますか？

重さもコストと言えるため、なるべく軽いものがよいですが、裏移りで見づらくならないように注意が必要です。
読みやすさ（文字やイラストのサイズなど）、持ちやすさを考えると冊子であればA4サイズがよいのではないでしょうか。

紙のコスト、製品の梱包サイズなども考慮して決定することが一般的ではないでしょうか。